SD Muhammadiyah IAES terletak di wilayah Kabupaten Klaten sekitar timur Candi Prambanan, tepatnya di Jalan Perkutut no.1 Pemukti Baru, Tlogo, Kecamatan Prambanan, Kabupaten Klaten, Provinsi Jawa Tengah. Kondisi lingkungan yang masih asri dan tenang sangat menunjang dalam kegiatan belajar peserta didik. Berada tidak jauh dari jalan Jogja Solo sebagai akses yang memudahkan untuk menemukan sekolah yang terletak di desa Tlogo, membuat lokasi SD Muhammadiyah IAES sangat mudah dijangkau dengan kendaraan umum maupun kendaraan pribadi.